Browsing by Subject "QRT-PCR"
Now showing 1 - 2 of 2
Results Per Page
Sort Options
Item Open Access Characterization of a novel zebrafish (Danio rerio) gene, wdr81, associated with cerebellar ataxia, mental retardation and dysequilibrium syndrome (CAMRQ)(BioMed Central Ltd., 2015) Doldur-Balli, F.; Ozel, M. N.; Gulsuner, S.; Tekinay, A. B.; Ozcelik, T.; Konu, O.; Adams, M. M.Background: WDR81 (WD repeat-containing protein 81) is associated with cerebellar ataxia, mental retardation and disequilibrium syndrome (CAMRQ2, [MIM 610185]). Human and mouse studies suggest that it might be a gene of importance during neurodevelopment. This study aimed at fully characterizing the structure of the wdr81 transcript, detecting the possible transcript variants and revealing its expression profile in zebrafish, a powerful model organism for studying development and disease. Results: As expected in human and mouse orthologous proteins, zebrafish wdr81 is predicted to possess a BEACH (Beige and Chediak-Higashi) domain, a major facilitator superfamily domain and WD40-repeats, which indicates a conserved function in these species. We observed that zebrafish wdr81 encodes one open reading frame while the transcript has one 5' untranslated region (UTR) and the prediction of the 3' UTR was mainly confirmed along with a detected insertion site in the embryo and adult brain. This insertion site was also found in testis, heart, liver, eye, tail and muscle, however, there was no amplicon in kidney, intestine and gills, which might be the result of possible alternative polyadenylation processes among tissues. The 5 and 18 hpf were critical timepoints of development regarding wdr81 expression. Furthermore, the signal of the RNA probe was stronger in the eye and brain at 18 and 48 hpf, then decreased at 72 hpf. Finally, expression of wdr81 was detected in the adult brain and eye tissues, including but not restricted to photoreceptors of the retina, presumptive Purkinje cells and some neurogenic brains regions. Conclusions: Taken together these data emphasize the importance of this gene during neurodevelopment and a possible role for neuronal proliferation. Our data provide a basis for further studies to fully understand the function of wdr81.Item Open Access RAW264.7 makrofajlarında lipotoksik endoplazmik retikulum stres sürecinde ifadesi değişen mikroRNAların tanımlanması(Türk Biyokimya Derneği, 2016) Nadir, M.; Tufanlı, Özlem; Erbay, Ebru; Atalay, A.Amaç: Kan dolaşımındaki serbest yağ asitlerinin artışı ve adipoz olmayan dokulardaki birikimi, insülin direnci, diyabet ve ateroskleroz gibi obezite ile ilişkili metabolik ve emflamatuvar hastalıkların gelişiminde önemli rol oynar. Yağ dokusu, fazla olan yağ asidini depolayabilme kabiliyetine sahipken, diğer dokulara ulaşan fazla miktarda yağ asidi, endoplazmik retikulum (ER) ve mitokondri gibi intraselüler metabolik organelleri zorlayarak stres cevabının oluşmasına ve lipotoksik hücre ölümüne neden olur. Katlanmamış protein yanıtı (KPY) endoplazmik retikulumun strese karşı önemli bir adaptasyonudur. Lipidler ile KPY arasındaki ilişkinin nasıl olduğu ve katlanmamış protein yanıtı ile adaptif ve destrüktif sonuçların nasıl yönetildiği halen tam olarak aydınlatılamamıştır. miRNA biyogenezinde KPY'nın rolünün yanı sıra, katlanmamış protein yanıtını düzenleyen miRNAların önemine işaret eden kanıtlar bulunmaktadır. Bu çalışmada lipidler ile KPY arasındaki ilişkiyi anlamak için, makrofajlardaki lipotoksik ER stresi sürecinde düzenlenen mikroRNA'ların tanımlanması amaçlanmıştır.Metod: Fare makrofaj hücre hattına (RAW 264.7), serbest yağ asidi olan 500 µM palmitat -obez hastaların kan dolaşımındaki seviyede- uygulanarak stres oluşturulmuştur. miRBase sürüm 16'daki bilinen tüm fare mikroRNAlarını içeren QRT-PCR temelli miSCRİPT miRNA PCR array sistemi kullanılarak, hücrelerdeki tüm mikroRNAom profili analiz edilmiş ve potansiyel hedefler için yolak analizleri gerçekleştirilmiştir.Bulgular: Lipotoksik ER stres sonucu, 227 mikroRNA'nın ifade seviyesi 2 kat üzerinde değişmiş ve 43'ü 2 kattan fazla,13'ü ise 3-24 kat değişim göstermiştir. Yolak analizi gerçekleştirilerek lipotoksik ER stresi ile ilişkili mikroRNA'ların mRNA hedefleri belirlenmiş ve gruplanmıştır.Sonuç: Makrofajlar, ER stresini indükleyebilen yüksek konsantrasyondaki doymuş yağ asidine maruz bırakıldığında mikroRNAome profillerinde dinamik bir değişim gözlenmektedir. Bulgularımız, obezitedeki doku ilişkili makrofajlar ve kan dolaşımındaki monositlerdeki lipotoksik stres sonuçlarını yansıtmaktadır. Detaylı çalışmalar gerçekleştirilerek, lipotoksik ER stresi sürecinde ifadesinin değiştiğini rapor ettiğimiz mikroRNA değişimlerinden hangi KPY yolağının sorumlu olduğu belirlenebilir.