1950'lerdeki Demokrat Parti iktidarı döneminde artan muhalefet gerilimi, 1960'taki askeri darbeyle Demokrat Parti'nin iktidarını sonlandırdı ve yeni bir anayasa ile demokratik hakları genişletti. Muzaffer Özdağ, bu dönemde genç bir subay olarak darbenin gerçekleştirilmesinde önemli bir rol oynadı. Özdağ, milliyetçi etkilerle büyüdü, askeri kariyerine odaklandı ve ihtilal düşüncesini benimsedi. Özdağ, Numan Esin ve Alparslan Türkeş gibi isimlerle tanışarak 27 Mayıs İhtilaline öncülük etti. İstanbul Örgütü'nde etkili olan Özdağ, darbenin planlanması ve gerçekleştirilmesinde rol oynadı, silah dağıtımını organize etti ve İstanbul Valisi'ni tutuklamak üzere görev aldı. Darbe sonrasında MBK'de iç çatışmalarla dolu bir süreç yaşandı ve farklı siyasi görüşlere sahip gruplar arasında anlaşmazlıklar başladı. Alparslan Türkeş'in görevden alınmasıyla çatışmalar arttı ve yeni bir meclis ile anayasa süreci başladı. Bu dönemde Muzaffer Özdağ, Japonya'ya büyükelçi olarak gönderildi.

Under the Democrat Party's rule in the 1950s, escalating opposition tension ended the party's rule with the coup in 1960, which also expanded democratic rights with a new constitution. Muzaffer Özdağ played a significant role as a young officer in the execution of the coup during this period. Growing up under nationalist influences, Özdağ focused on a military career and embraced revolutionary ideas. Interacting with people like Numan Esin and Alparslan Türkeş, Özdağ played a leading role in the 1960 coup. Active within the Istanbul Organization, Özdağ had a major role in planning and executing the coup, organizing weapon distribution, and acting out to detain the Governor of Istanbul. After the coup, a period of internal conflicts within the National Unity Committee (MBK) ensued, creating disputes among groups with different political opinions. The removal of Alparslan Türkeş from MBK intensified conflicts, leading to the formation of a new parliamentary and constitutional process. During this time, Muzaffer Özdağ was appointed as an ambassador to Japan.