Browsing by Subject "TAD"

Filter results by typing the first few letters
Now showing 1 - 2 of 2
  • Thumbnail Image
    ItemOpen Access
    Correction to: NoRCE: non‑coding RNA sets cis enrichment tool
    (BioMed Central Ltd., 2021-08-04) Olgun, Gülden; Nabi, Afshan; Tastan, Oznur
    While some non-coding RNAs (ncRNAs) are assigned critical regulatory roles, most remain functionally uncharacterized. This presents a challenge whenever an interesting set of ncRNAs needs to be analyzed in a functional context. Transcripts located close-by on the genome are often regulated together. This genomic proximity on the sequence can hint at a functional association. Results: We present a tool, NoRCE, that performs cis enrichment analysis for a given set of ncRNAs. Enrichment is carried out using the functional annotations of the coding genes located proximal to the input ncRNAs. Other biologically relevant information such as topologically associating domain (TAD) boundaries, co-expression patterns, and miRNA target prediction information can be incorporated to conduct a richer enrichment analysis. To this end, NoRCE includes several relevant datasets as part of its data repository, including cell-line specific TAD boundaries, functional gene sets, and expression data for coding & ncRNAs specific to cancer. Additionally, the users can utilize custom data files in their investigation. Enrichment results can be retrieved in a tabular format or visualized in several different ways. NoRCE is currently available for the following species: human, mouse, rat, zebrafish, fruit fly, worm, and yeast. Conclusions: NoRCE is a platform-independent, user-friendly, comprehensive R package that can be used to gain insight into the functional importance of a list of ncRNAs of any type. The tool offers flexibility to conduct the users’ preferred set of analyses by designing their own pipeline of analysis. NoRCE is available in Bioconductor and https://github.com/guldenolgun/NoRCE.
  • Thumbnail Image
    ItemRestricted
    İlkleri kucaklayan bir yaşam: İlk Türk kadın dekan ve astronom Nüzhet Gökdoğan'ın hayatı
    (Bilkent University, 2018) Gürbüz, Aleyna; Gelgi, Batuhan; Köktürk, Muzaffer; Şahal, İsmail; Bacanlı, Yiğit
    Türkiye‘nin ilk kadın gökbilimcisi ve ilk kadın dekanı olan Prof. Dr. Nüzhet Gökdoğan, Cumhuriyet’in ilk yıllarında eğitim reformu kapsamında yurt dışına gönderilmiş ve ülkesine döndükten sonra bilime ve bilimin ülkemizdeki gelişimine katkı sağlamış bilim insanlarındandır. Fransa’da eğitim gördükten sonra Türkiye’de astronomi çalışmaları yapan Nüzhet Gökdoğan, hem astronomi araştırmalarında hem de akademide bir öncü olarak ülkemizin bilim ve akademi tarihinde önemli bir yer tutmaktadır. Bu araştırmada Nüzhet Gökdoğan’ın kişisel ve akademik hayatı ile birlikte ülkemizde astronomiye ve akademiye yaptığı katkılar, en yakınları ile yapılan röportajlar ve kapsamlı araştırmalar ışığında sunulmaya çalışılmıştır. Nüzhet Gökdoğan’ın bilimsel çalışmalarının yanı sıra öğrenci ilişkileri ile bir kadın olarak kişisel ve akademik hayatı da göz önünde bulundurularak, kendisinin Türkiye’deki astronomi biliminin ilerlemesine çok büyük bir katkısının olduğu ve örnek bir kadın akademisyen ve aile ferdi olduğu vurgulanmıştır. Nüzhet Gökdoğan'ın hayatının incelenmesi Cumhuriyet’in kurulmasının ardından bilimin ve akademinin ne çabalarla ilerletildiğinin anlaşılması açısından da önem taşımaktadır.