Browsing by Author "Acar, Rana"

Now showing 1 - 2 of 2

Open Access
CoVrimer: a tool for aligning SARS-CoV-2 primer sequences and selection of conserved/degenerate primers
(Academic Press, 2021-07-20) Vural-Özdeniz, Merve; Aktürk, Aslınur; Demirdizen, Mert; Leka, Ronaldo; Acar, Rana; Konu, Özlen
As mutations in SARS-CoV-2 virus accumulate rapidly, novel primers that amplify this virus sensitively and specifically are in demand. We have developed a webserver named CoVrimer by which users can search for and align existing or newly designed conserved/degenerate primer pair sequences against the viral genome and assess the mutation load of both primers and amplicons. CoVrimer uses mutation data obtained from an online platform established by NGDC-CNCB (12 May 2021) to identify genomic regions, either conserved or with low levels of mutations, from which potential primer pairs are designed and provided to the user for filtering based on generalized and SARS-CoV-2 specific parameters. Alignments of primers and probes can be visualized with respect to the reference genome, indicating variant details and the level of conservation. Consequently, CoVrimer is likely to help researchers with the challenges posed by viral evolution and is freely available at http://konulabapps.bilkent.edu.tr:3838/CoVrimer/.
Restricted
Şükrü Sina Gürel’in hayatı ve Türk siyasetine katkıları
(Bilkent University, 2021) Gür, Gözde; Acar, Rana; Alkazan, Ayşe Selin; Ozan, Barçın; Keskin, Doruk
1 Ocak 1950 doğumlu olan Şükrü Sina Gürel, Türkiye’nin yakın siyasi tarihinde önemli bir rol oynamıştır. Görev aldığı dönemde Türkiye’nin siyasi tablosunda etkin olarak bulunan Gürel, özellikle Türkiye’nin dış işleriyle bağlantılı sorunlarıyla yakından ilgilenmiştir. 1982-1983 yılları arasında dönemin başbakanı Bülent Ecevit’in yönlendirmesiyle Arayış Dergisi’nde dönemin sorunlarına kayıtsız kalmayıp çalışmaya başlamıştır. 1995 yıllında ise Demokratik Sol Parti ile siyasi hayata giriş yapmıştır. İlk görevi İzmir’in milletvekilliği olan Gürel, daha sonrasında 1997-1998 yılları arasında yine Ecevit yönetiminde AB ve Kıbrıs’tan sorumlu devlet bakanı olarak seçilmiştir. Aynı zamanda bu dönem aralığında özellikle Türk- Yunan ilişkilerini ele aldığı kitaplar ve makaleler, hem yurt içi hem de yurt dışında büyük bir öneme sahip hale gelmiştir. 2002 yılı boyunca da hem Başbakan yardımcılığını hem de Dışişleri Bakanlığı görevlerini üstlenmiştir. Siyasi hayatı boyunca özellikle Kıbrıs Sorunu ile yakından ilgili olan Gürel, yazdığı kitap ve makaleler aracılığıyla dönemin perde arkasını ve yaşananları aktarmıştır. Bu araştırma yazısında, Türkiye’nin dışişleri ve ilişkileri için çalkantılı ve sancılı geçen bir dönemi, içeriden bir göz yardımıyla, Gürel ile yaptığımız röportaj ve yazarı olduğu kitaplar incelenerek anlatılmıştır.