Now showing items 1-10 of 10

    • The BioPAX community standard for pathway data sharing 

      Demir, Emek; Cary, M. P.; Paley, S.; Fukuda, K.; Lemer, C.; Vastrik, I.; Wu, G.; D'Eustachio, P.; Schaefer, C.; Luciano, J.; Schacherer, F.; Martinez-Flores, I.; Hu, Z.; Jimenez-Jacinto, V.; Joshi-Tope, G.; Kandasamy, K.; Lopez-Fuentes, A. C.; Mi, H.; Pichler, E.; Rodchenkov, I.; Splendiani, A.; Tkachev, S.; Zucker, J.; Gopinath, G.; Rajasimha, H.; Ramakrishnan, R.; Shah, I.; Syed, M.; Anwar, N.; Babur, Özgün; Blinov, M.; Brauner, E.; Corwin, D.; Donaldson, S.; Gibbons, F.; Goldberg, R.; Hornbeck, P.; Luna, A.; Murray-Rust, P.; Neumann, E.; Reubenacker, O.; Samwald, M.; Iersel, Martijn van; Wimalaratne, S.; Allen, K.; Braun, B.; Whirl-Carrillo, M.; Cheung, Kei-Hoi; Dahlquist, K.; Finney, A.; Gillespie, M.; Glass, E.; Gong, L.; Haw, R.; Honig, M.; Hubaut, O.; Kane, D.; Krupa, S.; Kutmon, M.; Leonard, J.; Marks, D.; Merberg, D.; Petri, V.; Pico, A.; Ravenscroft, D.; Ren, L.; Shah, N.; Sunshine, M.; Tang R.; Whaley, R.; Letovksy, S.; Buetow, K. H.; Rzhetsky, A.; Schachter, V.; Sobral, B. S.; Doğrusöz, Uğur; McWeeney, S.; Aladjem, M.; Birney, E.; Collado-Vides, J.; Goto, S.; Hucka, M.; Novère, Nicolas Le; Maltsev, N.; Pandey, A.; Thomas, P.; Wingender, E.; Karp, P. D.; Sander, C.; Bader, G. D. (Nature Publishing Group, 2010-09)
      Biological Pathway Exchange (BioPAX) is a standard language to represent biological pathways at the molecular and cellular level and to facilitate the exchange of pathway data. The rapid growth of the volume of pathway ...
    • The cBio cancer genomics portal: an open platform for exploring multidimensional cancer genomics data 

      Cerami, E.; Gao, J.; Dogrusoz, U.; Gross, B. E.; Sumer, S. O.; Aksoy, B. A.; Jacobsen, A.; Byrne, C. J.; Heuer, M. L.; Larsson, E.; Antipin, Y.; Reva, B.; Goldberg, A. P.; Sander, C.; Schultz, N. (American Association for Cancer Research, 2012-05)
      The cBio Cancer Genomics Portal (http://cbioportal.org) is an open-access resource for interactive exploration of multidimensional cancer genomics data sets, currently providing access to data from more than 5,000 tumor ...
    • The cBioPortal for cancer genomics and its application in precision oncology 

      Gao, J.; Lindsay, J.; Watt, S.; Doğrusöz, Uğur; Lukasse, P.; Abeshouse, A.; Chen, H.; Bruijn, I.; Gross, B.; Li, D.; Kundra, R.; Heins, Z.; Reis-Filho, J.; Sumer, O.; Sun, Y.; Wang, J.; Wang, Q.; Zhang, H.; Kumari, P.; Şahin, Mehmet Furkan; Ridder, S.; Schaeffer, F.; Bochove, K.; Pugh, T.; Sander, C.; Cerami, E.; Schultz, N.; Bahçeci, İstemi (American Association for Cancer Research, 2016)
      Abstract The cBioPortal for Cancer Genomics provides intuitive visualization and analysis of complex cancer genomics data. The public site (http://cbioportal.org/) is accessed by more than 1,500 researchers per day, and ...
    • ChiBE: interactive visualization and manipulation of BioPAX pathway models 

      Babur, Özgün; Doğrusöz, Uğur; Demir, Emek; Sander, C. (Oxford University Press, 2010-02-01)
      SUMMARY: Representing models of cellular processes or pathways in a graphically rich form facilitates interpretation of biological observations and generation of new hypotheses. Solving biological problems using large ...
    • Discovering modulators of gene expression 

      Babur, Özgün; Demir, Emek; Gönen, M.; Sander, C.; Doğrusöz, Uğur (Oxford University Press, 2010-09-01)
      Proteins that modulate the activity of transcription factors, often called modulators, play a critical role in creating tissue- and context-specific gene expression responses to the signals cells receive. GEM (Gene Expression ...
    • Integrating biological pathways and genomic profiles with ChiBE 2 

      Babur, O.; Dogrusoz, U.; Çakır, M.; Aksoy, B. A.; Schultz, N.; Sander, C.; Demir, E. (BioMed Central Ltd., 2014)
      Background: Dynamic visual exploration of detailed pathway information can help researchers digest and interpret complex mechanisms and genomic datasets.Results: ChiBE is a free, open-source software tool for visualizing, ...
    • Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal 

      Gao J.; Aksoy, B. A.; Dogrusoz, U.; Dresdner, G.; Gross, B.; Sumer, S. O.; Sun, Y.; Jacobsen, A.; Sinha, R.; Larsson, E.; Cerami, E.; Sander, C.; Schultz, N. (American Association for the Advancement of Science (A A A S), 2013)
      The cBioPortal for Cancer Genomics (http://cbioportal.org) provides a Web resource for exploring, visualizing, and analyzing multidimensional cancer genomics data. The portal reduces molecular profiling data from cancer ...
    • Oncogenic signaling pathways in the Cancer Genome Atlas 

      Sanchez-Vega, F.; Mina, M.; Armenia, J.; Chatila, W. K.; Luna, A.; La, K. C.; Dimitriadoy, S.; Liu, D. L.; Kantheti, H. S.; Saghafinia, S.; Chakravarty, D.; Daian, F.; Gao, Q.; Bailey, M. H.; Liang, W. -W.; Foltz, S. M.; Shmulevich, I.; Ding, L.; Heins, Z.; Ochoa, A.; Gross, B.; Gao, J.; Zhang, H.; Kundra, R.; Kandoth, C.; Bahceci, I.; Dervishi, L.; Doğrusöz, Uğur; Zhou, W.; Shen, H.; Laird, P. W.; Way, G. P.; Greene, C. S.; Liang, H.; Xiao, Y.; Wang, C.; Iavarone, A.; Berger, A. H.; Bivona, T. G.; Lazar, A. J.; Hammer, G. D.; Giordano, T.; Kwong, L. N.; McArthur, G.; Huang, C.; Tward, A. D.; Frederick, M. J.; McCormick, F.; Meyerson, M.; Caesar-Johnson, S. J.; Demchok, J. A.; Felau, I.; Kasapi, M.; Ferguson, M. L.; Hutter, C. M.; Sofia, H. J.; Tarnuzzer, R.; Wang, Z.; Yang, L.; Zenklusen, J. C.; Zhang, J. J.; Chudamani, S.; Liu, J.; Lolla, L.; Naresh, R.; Pihl, T.; Sun, Q.; Wan, Y.; Wu, Y.; Cho, J.; DeFreitas, T.; Frazer, S.; Gehlenborg, N.; Getz, G.; Heiman, D. I.; Kim, J.; Lawrence, M. S.; Lin, P.; Meier, S.; Noble, M. S.; Saksena, G.; Voet, D.; Zhang, H.; Bernard, B.; Chambwe, N.; Dhankani, V.; Knijnenburg, T.; Kramer, R.; Leinonen, K.; Liu, Y.; Miller, M.; Reynolds, S.; Shmulevich, I.; Thorsson, V.; Zhang, W.; Akbani, R.; Broom, B. M.; Hegde, A. M.; Ju, Z.; Kanchi, R. S.; Korkut, A.; Li, J.; Liang, H.; Ling, S.; Liu W.; Lu, Y.; Mills, G. B.; Ng, K. -S.; Rao, A.; Ryan, M.; Wang, J.; Weinstein, J. N.; Zhang, J.; Abeshouse, A.; Armenia, J.; Chakravarty, D.; Chatila, W. K.; de, Bruijn, I.; Gao, J.; Gross, B. E.; Heins, Z. J.; Kundra, R.; La, K.; Ladanyi, M.; Luna, A.; Nissan, M. G.; Ochoa, A.; Phillips, S. M.; Reznik, E.; Sanchez-Vega, F.; Sander, C.; Schultz, N.; Sheridan, R.; Sumer, S. O.; Sun, Y.; Taylor, B. S.; Wang, J.; Zhang, H.; Anur, P.; Peto, M.; Spellman, P.; Benz, C.; Stuart, J. M.; Wong, C. K.; Yau, C.; Hayes, D. N.; Parker, J. S.; Wilkerson, M. D.; Ally, A.; Balasundaram, M.; Bowlby, R.; Brooks, D.; Carlsen, R.; Chuah, E.; Dhalla, N.; Holt, R.; Jones, S. J. M.; Kasaian, K.; Lee, D.; Ma, Y.; Marra, M. A.; Mayo, M.; Moore, R. A.; Mungall, A. J.; Mungall, K.; Robertson, A. G.; Sadeghi, S.; Schein, J. E.; Sipahimalani, P.; Tam, A.; Thiessen, N.; Tse, K.; Wong, T.; Berger, A. C.; Beroukhim, R.; Cherniack, A. D.; Cibulskis, C.; Gabriel, S. B.; Gao, G. F.; Ha, G.; Meyerson, M.; Schumacher, S. E.; Shih, J.; Kucherlapati, M. H.; Kucherlapati, R. S.; Baylin, S.; Cope, L.; Danilova, L.; Bootwalla, M. S.; Lai, P. H.; Maglinte, D. T.; Van, Den, Berg, D. J.; Weisenberger, D. J.; Auman, J. T.; Balu, S.; Bodenheimer, T.; Fan, C.; Hoadley, K. A.; Hoyle, A. P.; Jefferys, S. R.; Jones, C. D.; Meng, S.; Mieczkowski, P. A.; Mose, L. E.; Perou, A. H.; Perou, C. M.; Roach, J.; Shi, Y.; Simons, J. V.; Skelly, T.; Soloway, M. G.; Tan, D.; Veluvolu, U.; Fan, H.; Hinoue, T.; Laird, P. W.; Shen, H.; Zhou, W.; Bellair, M.; Chang, K.; Covington, K.; Creighton, C. J.; Dinh, H.; Doddapaneni, H.; Donehower, L. A.; Drummond, J.; Gibbs, R. A.; Glenn, R.; Hale, W.; Han, Y.; Hu, J.; Korchina, V.; Lee, S.; Lewis, L.; Li, W.; Liu, X.; Morgan, M.; Morton, D.; Muzny, D.; Santibanez, J.; Sheth, M.; Shinbrot, E.; Wang, L.; Wang, M.; Wheeler, D. A.; Xi, L.; Zhao, F.; Hess, J.; Appelbaum, E. L.; Bailey, M.; Cordes, M. G.; Ding, L.; Fronick, C. C.; Fulton, L. A.; Fulton, R. S.; Kandoth, C.; Mardis, E. R.; McLellan, M. D.; Miller, C. A.; Schmidt, H. K.; Wilson, R. K.; Crain, D.; Curley, E.; Gardner, J.; Lau, K.; Mallery, D.; Morris, S.; Paulauskis, J.; Penny, R.; Shelton, C.; Shelton, T.; Sherman, M.; Thompson, E.; Yena, P.; Bowen, J.; Gastier-Foster, J. M.; Gerken, M.; Leraas, K. M.; Lichtenberg, T. M.; Ramirez, N. C.; Wise, L.; Zmuda, E.; Corcoran, N.; Costello, T.; Hovens, C.; Carvalho, A. L.; de, Carvalho, A. C.; Fregnani, J. H.; Longatto-Filho, A.; Reis, R. M.; Scapulatempo-Neto, C.; Silveira, H. C. S.; Vidal, D. O.; Burnette, A.; Eschbacher, J.; Hermes, B.; Noss, A.; Singh, R.; Anderson, M. L.; Castro, P. D.; Ittmann, M.; Huntsman, D.; Kohl, B.; Le, X.; Thorp, R.; Andry, C.; Duffy, E. R.; Lyadov, V.; Paklina, O.; Setdikova, G.; Shabunin, A.; Tavobilov, M.; McPherson, C.; Warnick, R.; Berkowitz, R.; Cramer, D.; Feltmate, C.; Horowitz, N.; Kibel, A.; Muto, M.; Raut, C. P.; Malykh, A.; Barnholtz-Sloan, J. S.; Barrett, W.; Devine, K.; Fulop, J.; Ostrom, Q. T.; Shimmel, K.; Wolinsky, Y.; Sloan, A. E.; De, Rose, A.; Giuliante, F.; Goodman, M.; Karlan, B. Y.; Hagedorn, C. H.; Eckman, J.; Harr, J.; Myers, J.; Tucker, K.; Zach, L. A.; Deyarmin, B.; Hu, H.; Kvecher, L.; Larson, C.; Mural, R. J.; Somiari, S.; Vicha, A.; Zelinka, T.; Bennett, J.; Iacocca, M.; Rabeno, B.; Swanson, P.; Latour, M.; Lacombe, L.; Têtu, B.; Bergeron, A.; McGraw, M.; Staugaitis, S. M.; Chabot, J.; Hibshoosh, H.; Sepulveda, A.; Su, T.; Wang, T.; Potapova, O.; Voronina, O.; Desjardins, L.; Mariani, O.; Roman-Roman, S.; Sastre, X.; Stern, M. -H.; Cheng, F.; Signoretti, S.; Berchuck, A.; Bigner, D.; Lipp, E.; Marks, J.; McCall, S.; McLendon, R.; Secord, A.; Sharp, A.; Behera, M.; Brat, D. J.; Chen, A.; Delman, K.; Force, S.; Khuri, F.; Magliocca, K.; Maithel, S.; Olson, J. J.; Owonikoko, T.; Pickens, A.; Ramalingam, S.; Shin, D. M.; Sica, G.; Van, Meir, E. G.; Zhang, H.; Eijckenboom, W.; Gillis, A.; Korpershoek, E.; Looijenga, L.; Oosterhuis, W.; Stoop, H.; van, Kessel, K. E.; Zwarthoff, E. C.; Calatozzolo, C.; Cuppini, L.; Cuzzubbo, S.; DiMeco, F.; Finocchiaro, G.; Mattei, L.; Perin, A.; Pollo, B.; Chen, C.; Houck, J.; Lohavanichbutr, P.; Hartmann, A.; Stoehr, C.; Stoehr, R.; Taubert, H.; Wach, S.; Wullich, B.; Kycler, W.; Murawa, D.; Wiznerowicz, M.; Chung, K.; Edenfield, W. J.; Martin, J.; Baudin, E.; Bubley, G.; Bueno, R.; De, Rienzo, A.; Richards, W. G.; Kalkanis, S.; Mikkelsen, T.; Noushmehr, H.; Scarpace, L.; Girard, N.; Aymerich, M.; Campo, E.; Giné, E.; Guillermo, A. L.; Van, Bang, N.; Hanh, P. T.; Phu, B. D.; Tang, Y.; Colman, H.; Evason, K.; Dottino, P. R.; Martignetti, J. A.; Gabra, H.; Juhl, H.; Akeredolu, T.; Stepa, S.; Hoon, D.; Ahn, K.; Kang, K. J.; Beuschlein, F.; Breggia, A.; Birrer, M.; Bell, D.; Borad, M.; Bryce, A. H.; Castle, E.; Chandan, V.; Cheville, J.; Copland, J. A.; Farnell, M.; Flotte, T.; Giama, N.; Ho, T.; Kendrick, M.; Kocher, J. -P.; Kopp, K.; Moser, C.; Nagorney, D.; O'Brien, D.; O'Neill, B. P.; Patel, T.; Petersen, G.; Que, F.; Rivera, M.; Roberts, L.; Smallridge, R.; Smyrk, T.; Stanton, M.; Thompson, R. H.; Torbenson, M.; Yang, J. D.; Zhang, L.; Brimo, F.; Ajani, J. A.; Gonzalez, A. M. A.; Behrens, C.; Bondaruk, J.; Broaddus, R.; Czerniak, B.; Esmaeli, B.; Fujimoto, J.; Gershenwald, J.; Guo, C.; Lazar, A. J.; Logothetis, C.; Meric-Bernstam, F.; Moran, C.; Ramondetta, L.; Rice, D.; Sood, A.; Tamboli, P.; Thompson, T.; Troncoso, P.; Tsao, A.; Wistuba, I.; Carter, C.; Haydu, L.; Hersey, P.; Jakrot, V.; Kakavand, H.; Kefford, R.; Lee, K.; Long, G.; Mann, G.; Quinn, M.; Saw, R.; Scolyer, R.; Shannon, K.; Spillane, A.; Stretch, J.; Synott, M.; Thompson, J.; Wilmott, J.; Al-Ahmadie, H.; Chan, T. A.; Ghossein, R.; Gopalan, A.; Levine, D. A.; Reuter, V.; Singer, S.; Singh, B.; Tien, N. V.; Broudy, T.; Mirsaidi, C.; Nair, P.; Drwiega, P.; Miller, J.; Smith, J.; Zaren, H.; Park, J. -W.; Hung, N. P.; Kebebew, E.; Linehan, W. M.; Metwalli, A. R.; Pacak, K.; Pinto, P. A.; Schiffman, M.; Schmidt, L. S.; Vocke, C. D.; Wentzensen, N.; Worrell, R.; Yang, H.; Moncrieff, M.; Goparaju, C.; Melamed, J.; Pass, H.; Botnariuc, N.; Caraman, I.; Cernat, M.; Chemencedji, I.; Clipca, A.; Doruc, S.; Gorincioi, G.; Mura, S.; Pirtac, M.; Stancul, I.; Tcaciuc, D.; Albert, M.; Alexopoulou, I.; Arnaout, A.; Bartlett, J.; Engel, J.; Gilbert, S.; Parfitt, J.; Sekhon, H.; Thomas, G.; Rassl, D. M.; Rintoul, R. C.; Bifulco, C.; Tamakawa, R.; Urba, W.; Hayward, N.; Timmers, H.; Antenucci, A.; Facciolo, F.; Grazi, G.; Marino, M.; Merola, R.; de, Krijger, R.; Gimenez-Roqueplo, A. -P.; Piché, A.; Chevalier, S.; McKercher, G.; Birsoy, K.; Barnett, G.; Brewer, C.; Farver, C.; Naska, T.; Pennell, N. A.; Raymond, D.; Schilero, C.; Smolenski, K.; Williams, F.; Morrison, C.; Borgia, J. A.; Liptay, M. J.; Pool, M.; Seder, C. W.; Junker, K.; Omberg, L.; Dinkin, M.; Manikhas, G.; Alvaro, D.; Bragazzi, M. C.; Cardinale, V.; Carpino, G.; Gaudio, E.; Chesla, D.; Cottingham, S.; Dubina, M.; Moiseenko, F.; Dhanasekaran, R.; Becker, K. -F.; Janssen, K. -P.; Slotta-Huspenina, J.; Abdel-Rahman, M. H.; Aziz, D.; Bell, S.; Cebulla, C. M.; Davis, A.; Duell, R.; Elder, J. B.; Hilty, J.; Kumar, B.; Lang, J.; Lehman, N. L.; Mandt, R.; Nguyen, P.; Pilarski, R.; Rai, K.; Schoenfield, L.; Senecal, K.; Wakely, P.; Hansen, P.; Lechan, R.; Powers, J.; Tischler, A.; Grizzle, W. E.; Sexton, K. C.; Kastl, A.; Henderson, J.; Porten, S.; Waldmann, J.; Fassnacht, M.; Asa, S. L.; Schadendorf, D.; Couce, M.; Graefen, M.; Huland, H.; Sauter, G.; Schlomm, T.; Simon, R.; Tennstedt, P.; Olabode, O.; Nelson, M.; Bathe, O.; Carroll, P. R.; Chan, J. M.; Disaia, P.; Glenn, P.; Kelley, R. K.; Landen, C. N.; Phillips, J.; Prados, M.; Simko, J.; Smith-McCune, K.; VandenBerg, S.; Roggin, K.; Fehrenbach, A.; Kendler, A.; Sifri, S.; Steele, R.; Jimeno, A.; Carey, F.; Forgie, I.; Mannelli, M.; Carney, M.; Hernandez, B.; Campos, B.; Herold-Mende, C.; Jungk, C.; Unterberg, A.; von, Deimling, A.; Bossler, A.; Galbraith, J.; Jacobus, L.; Knudson, M.; Knutson, T.; Ma, D.; Milhem, M.; Sigmund, R.; Godwin, A. K.; Madan, R.; Rosenthal, H. G.; Adebamowo, C.; Adebamowo, S. N.; Boussioutas, A.; Beer, D.; Giordano, T.; Mes-Masson, A. -M.; Saad, F.; Bocklage, T.; Landrum, L.; Mannel, R.; Moore, K.; Moxley, K.; Postier, R.; Walker, J.; Zuna, R.; Feldman, M.; Valdivieso, F.; Dhir, R.; Luketich, J.; Pinero, E. M. M.; Quintero-Aguilo, M.; Carlotti, C. G.; Jr.; Dos, Santos, J. S.; Kemp, R.; Sankarankuty, A.; Tirapelli, D.; Catto, J.; Agnew, K.; Swisher, E.; Creaney, J.; Robinson, B.; Shelley, C. S.; Godwin, E. M.; Kendall, S.; Shipman, C.; Bradford, C.; Carey, T.; Haddad, A.; Moyer, J.; Peterson, L.; Prince, M.; Rozek, L.; Wolf, G.; Bowman, R.; Fong, K. M.; Yang, I.; Korst, R.; Rathmell, W. K.; Fantacone-Campbell, J. L.; Hooke, J. A.; Kovatich, A. J.; Shriver, C. D.; DiPersio, J.; Drake, B.; Govindan, R.; Heath, S.; Ley, T.; Van, Tine, B.; Westervelt, P.; Rubin, M. A.; Lee, J. I.; Aredes, N. D.; Mariamidze, A.; Van, Allen, E. M.; Cherniack, A. D.; Ciriello, G.; Sander, C.; Schultz, N.; The, Cancer, Genome, Atlas, Research, Network.tif (Cell Press, 2018)
      Genetic alterations in signaling pathways that control cell-cycle progression, apoptosis, and cell growth are common hallmarks of cancer, but the extent, mechanisms, and co-occurrence of alterations in these pathways differ ...
    • Pathway commons 2019 update: integration, analysis and exploration of pathway data 

      Rodchenkov, I.; Babur, Ö.; Luna, A.; Aksoy, B. A.; Wong, J. V.; Fong, D.; Franz, M.; Siper, M. C.; Cheung, M.; Wrana, M.; Mistry, H.; Mosier, L.; Dlin, J.; Wen, Q.; O’Callaghan, C.; Li, W.; Elder, G.; Smith, P. T.; Dallago, C.; Cerami, E.; Gross, B.; Doğrusöz, Uğur; Demir, E.; Bader, G. D.; Sander, C. (Oxford University Press, 2020)
      Pathway Commons (https://www.pathwaycommons.org) is an integrated resource of publicly available information about biological pathways including biochemical reactions, assembly of biomolecular complexes, transport and ...
    • The systems biology graphical notation 

      Le Novère, N.; Hucka, M.; Mi, H.; Moodie, S.; Schreiber, F.; Sorokin, A.; Demir, Emek; Wegner, K.; Aladjem, M. I.; Wimalaratne, S. M.; Bergman, F. T.; Gauges, R.; Ghazal, P.; Kawaji, H.; Li, L.; Matsuoka, Y.; Villéger, A.; Boyd, S. E.; Calzone, L.; Courtot, M.; Doğrusöz, Uğur; Freeman, T. C.; Funahashi, A.; Ghosh, S.; Jouraku, A.; Kim, S.; Kolpakov, F.; Luna, A.; Sahle, S.; Schmidt, E.; Watterson, S.; Wu, G.; Goryanin, I.; Kell, D. B.; Sander, C.; Sauro, H.; Snoep, J. L.; Kohn, K.; Kitano, H. (Nature Publishing Group, 2009-08)
      Circuit diagrams and Unified Modeling Language diagrams are just two examples of standard visual languages that help accelerate work by promoting regularity, removing ambiguity and enabling software tool support for ...